厚生労働省が2008年に行った調査結果（グラフ参照）によると、薬剤師の勤務先として最も多いのは薬局となっており、全体の43.5%を占めています。以下、病院･診療所の18.8%、製薬企業の17.8%と続きます。他には、大学で研究者となったり、保健所などの行政機関に勤務している人もいます。
薬剤師の就職に、大きな影響を与えたのは、マツモトキヨシに代表されるドラッグストアの拡大です。薬学部を卒業した学生にとって、専門性が生かせる大手製薬会社や調剤薬局への就職が人気で、どちらかというとドラッグストアは敬遠される傾向にありました。
医薬品の販売には、薬剤師の存在が不可欠で、薬剤師の獲得合戦が激化し、学生の売り手市場がしばらく続く状態にありました。また、政府の規制改革方針もあり、私立薬科大学や薬学部の新設が相次ぎました。
そこに打撃を与えたのが、2009年に導入された「登録販売者制度」です。薬事法の改正で、副作用のリスクが低い大衆薬は、薬剤師だけでなく、登録販売者の資格を持つ店員が販売できるようになりました。
しかも、近年の経済的不況の影響を受け、薬局数の増加は頭打ち状態になりつつあります。医療費抑制の方向から病院内での雇用も、あまり見込めません。
薬剤師の過剰時代もすぐそこに到来しています。厚生労働省によると、薬剤指数は近年、増え続け、2008年末時点で約27万人がいます。10年後には約38万院に増えると予測されていますが、需要は27万人にとどまるとの推計もあります。